广州市基层疾病防控体系面临的问题：多部门联防联控、高效协同的公共卫生应急机制相对薄弱；区级疾控中心普遍存在运行不畅、人员不足、检验能力差、激励机制不完善等问题；基层医疗卫生机构普遍存在人员短缺、激励机制不健全、功能拓展有限等问题；协同高效的工作机制和纵横交错的基层疾病防控信息管理系统有待完善；应对重大公共卫生事件的保障能力不足；社区治理体系尚不完善。建议加快推进公共卫生工作的体制机制改革创新；加快完善区级疾控机构能力建设；加强完善基层卫生服务标准化建设；提升公共卫生应急快速响应能力；建立完备的公共卫生应急保障体系；完善公共卫生应急处置的监督管理机制。