中国城乡环境综合治理研究是建立在坚实的马克思主义理论基础之上的。马克思主义城乡融合思想和马克思主义环境利益理论是城乡环境综合治理的两大理论基础。马克思主义城乡融合思想是城乡环境综合治理的指导思想，实现城乡环境综合治理是为社会主义中国城乡融合的实现服务的；马克思主义环境利益理论是城乡环境综合治理的核心，环境利益越来越成为影响城乡环境综合治理实现的关键因素。