自由主义的制度认同在其价值原则的践行、形成机制、成员身份以及其本身的践行方面都存在操作困难。自由主义的制度认同需要一种理想化的制度设计来获得民主商谈的可能，公民需要具有审慎与反思的能力，这对社会与个人都提出了过高的要求。自由主义的制度认同实质上是一种乌托邦思想，在现实中个体难以通过制度产生对国家的认同。可见，国家认同的建构过程要“处理好顶层设计和摸着石头过河的关系”，要符合马克思主义的认识论和实践论的方法，国家认同的理论与实践决不能割裂，摸着石头过河与顶层设计是相辅相成的，二者要协调一致。