随着非传统安全威胁的日益增多，中菲加强了双方在非传统安全领域的合作，并取得了一系列进展。本文以“起步型”的反恐安全合作、“探索型”的南海安全合作和“突发型”的公共卫生安全合作为例，分析了中菲非传统安全合作现状，并提出其非传统安全合作具有化解中菲战略冲突、构建中菲命运共同体，管控安全分歧、增强中菲战略互信和开展互动，塑造稳定的地区安全格局的作用。中菲非传统安全合作势态虽然良好但仍面临着域外国家干预、南海争端和菲律宾国内多重因素的共同影响，未来仍需要继续深化，提升合作水平。