农业水资源安全管理的实质是人的问题。一方面，由于农业水资源与人们的生产活动密切相关，农业水资源危机其实是人自身行为的后果；另一方面，农业水资源利用的公共性十分突出，涉及多方面主体的利益，主体的博弈必然影响农业水资源安全管理，个体使用者对自身利益的追求会造成集体利益的受损，使得人们在农业水资源管理问题上表现出典型的“集体非理性”10508341。加勒特·哈丁（1968）把公共资源被过度使用的问题称为“公地悲剧”。因此，农业水资源安全管理不能只针对农业水资源本身，必须把相关人的因素考虑在内。事实上，农业水资源安全管理包含两个子系统：水与人关系的自然子系统，人与人关系的社会子系统。传统上的农业水资源安全管理，主要针对自然子系统，重视水资源开发和水利工程；对社会子系统管理还没有足够重视。因此，加强农业水资源安全管理组织体系建设是一项重要内容。