16世纪后期，英国完成了宗教改革，安立甘教会（圣公会）确立了其在英国的国教地位，但一些教徒认为，英国国教中存在着天主教的陈规陋习，应该加以清除，持这种观点的人被称之为“清教徒”。对此，英国国教和女王政府认为，任何一个社会里只能有一种真正的、统一的宗教、任何反对这种被官方认可的信仰的行为都是不可容忍的。不信奉国教，抨击国教的清教徒是异教徒，必须使用各种手段对其进行惩罚，如果他们不肯就范，便将“从地球上消失”。于是宗教迫害的狂潮在英国大行其道。英国国教与政府使用威胁、监禁、绞刑、驱逐等各种残暴手段镇压清教徒。在这种高压政策下，拒不放弃信仰的清教徒被迫大批逃离欧洲移居北美。

1607年5月，一批清教徒到达北美弗吉尼亚，建立了定居点詹姆斯顿。1620年11月，102位逃亡荷兰的英国“分离派”（主张彻底脱离国教的）清教徒乘“五月花号”船到达马萨诸塞湾，建立了新英格兰地区的第一块殖民地。希望在这片自由的土地上以自己认为正确的方式来信奉上帝。上岸前，他们签订了著名的“五月花公约”，称“为了上帝的荣耀，为了增强基督教信仰……我们在上帝面前共同立誓签约，自愿结为一民众自治团体”。10134744这些清教徒在今天的马萨诸塞州的普利茅斯建立新英格兰的第一个殖民地。此后，马萨诸塞湾的新移民和新英格兰其他地区的来自英国和欧洲的移民相继建立了自己的“宗教种植园”。清教徒们在“上帝选民”信念的驱使下，以极大的宗教热情，克服困难，试图在自己的殖民地内建立新的宗教与政治秩序，创立一个能体现上帝意志的清教神圣共和国。

1630年，一支规模更大的称为“非分离派”（主张留在国教内对其进行改革的）清教徒在因其清教信仰而被剥夺公职的律师约翰·温斯罗普的带领下，在普利茅斯北边建立了马萨诸塞湾殖民地，并将普利茅斯逐渐吸纳进来。在以后的十年内，共有20000名清教徒抵达新英格兰。1648年，马萨诸塞和康涅狄格殖民地的牧师聚集召开了一个宗教会议，通过了《剑桥纲领》，明确了公理会的教会体制，“权威性地确立了‘新英格兰方式’”。10134745从马萨诸塞，到康涅狄格，再到新罕布什尔，“新英格兰方式”（New England way）逐渐形成。虽然清教徒主要聚集在新英格兰地区，但其影响却远远超越了其拥有的地域。沃尔德教授说：“现代历史学家几乎没有不赞同19世纪早期亚历克西斯·德·托克维尔的判断：清教理念充斥了整个北美殖民地。”10134746清教徒是坚定的加尔文主义者，强调人类的罪恶，相信“预定论”，认为《圣经》才是信仰的最高权威，任何教会或个人都不能成为传统权威的解释者和维护者，主张简朴的宗教礼拜仪式，提倡“勤俭清洁”的生活，遵守严格的道德准则，守安息日，严禁星期天劳作或进行娱乐活动。新英格兰的清教徒实行公理制的教会体制，取“公众治理”之意。其基本单位为“会众”（Congregation），每个“会众”都是互为独立的教会。教务、组织制度和礼仪等均由各“会众”自行决定，牧师由“会众”民主选聘。1013474719世纪初，随着公理会的发展，“清教徒”的称谓逐渐为“公理会教徒”所替代。

1698年，马萨诸塞湾、普利茅斯、康涅狄格和纽黑文等清教徒殖民地的教会召开了第一次宗教会议，通过了《剑桥宣言》，明确了教会自治的管理原则，主张教会可以由信徒参加管理，牧师可以由信徒民主选举。当时这种具有民主色彩的教会管理模式主要是为了克服英国国教集权体制的影响，但它对后来美国政治制度的结构也产生了深远的影响。

到17世纪中期，已有几万名清教徒从美国移民到了北美。这些清教徒恪守禁欲主义，富有冒险开拓精神，把严格自律的生活、勤勉的工作和对事业成功的不懈追求，视为对自己神圣信仰与职责的检验。他们坚信，他们正在进行的努力，可以实现上帝的计划、促进教会的兴旺发达。清教徒这种为上帝效劳、努力进取、自我奋斗的精神与后来美国人性格特征的形成有着密切的关系，其信仰和实践中的一些重要的原则——尤其是原罪说、契约论、《圣经》权威说、公理制及选民观都对日后美国人的意识形态和价值观产生了重要的影响。