清教徒本来是为了逃避英国国教和政府的宗教迫害来到北美的。然而，摆脱了国教暴政的清教徒在建立了自己的北美神权政体之后，逐渐在北美殖民地大部分地区取得了正统教会的地位，成了受当地政府与法律支持的官方信仰。这时的清教徒，将自己曾经受过的宗教迫害抛在脑后，转而对其他教派实施残酷的宗教迫害。他们在以清教徒为主的新英格兰地区禁止信仰罗马天主教，对进入马萨诸塞的公谊会教徒实施鞭笞、监禁及各种酷刑。他们坚信应该强制实行宗教统一，而只有清教徒才是唯一有资格的“上帝选民”。

清教徒制定了严格的清教法规，实施清教禁欲主义，在生活的各个领域都有必须遵守的繁文缛节。例如，安息日禁止劳动和玩乐，每个人都必须去教堂做礼拜并且不许打瞌睡。在政治上，只有清教徒中的有产者有选举权，《圣经》具有最高的法律效力，任何异端都必须受到惩罚，不能得到丝毫的宽容。

然而，建立在宗教专制基础上的统治即使在清教徒内部也并非铁板一块。罗杰·威廉斯是一位反抗清教苛政的清教独立派教士。1635年冬天，他因不同意清教专制而被驱逐出新英格兰流放到罗德岛。在罗德岛，威廉斯在自己建立的普罗维登斯定居地内实行了对一切信仰都开放的宗教宽容政策。1639年，他创立了北美殖民地中第一个浸礼会教会，以后又接纳了到达罗德岛的犹太教徒，使普罗维登斯成了浸礼会、公谊会、犹太教以及其他非官方信仰者的自由地。威廉斯以自己的大胆行动批判了清教的宗教专制。

随着大量具有各种教派背景的新移民的不断增加和新英格兰地区人民对清教专制统治的抵制，清教徒神权控制的教会权威日益削弱，北美殖民地的宗教不但没有被清教主义统一，反而变得更加多样，清教徒希望在马萨诸塞湾殖民地建立清教神权体制的“圣经共和国”的梦想最终也没有实现。