就在大批清教徒到达北美的同时，来自英国的公谊会（又称教友会或贵格会）、德国和瑞典的信义会、法国的胡格诺教派、北欧的归正会以及巴西荷兰人控制地区的犹太教等其他教派的信徒，也纷纷来到北美。他们中的大多数人也是为了逃避宗教迫害，寻求可以保持其信仰的宗教避难所，其中最为典型的要数公谊会。

公谊会由英国人乔治·福克斯创立于1652年，该派的教义主张极端的清教主义，认为“圣灵”（或称“基督之光”）永存于每个人心中，人人都可以通过圣灵与上帝直接交流，圣灵可以助人摆脱黑暗，进入光明。这种教义震惊了当时所有的教会，理所当然地被视为荒谬至极的异端邪说，因而不论在英国本土还是在北美殖民地公谊会都受到了残酷迫害。在英国，成千上万的公谊会教徒被关进监狱遭受严刑拷打和虐待，许多人被折磨至死。残酷的迫害迫使大批公谊会教徒纷纷逃往北美避难。

1681年，公谊会教士威廉·佩恩利用英王查理二世欠他父亲的一笔债款，获得了在宾夕法尼亚建立殖民地的特许令，成了宾夕法尼亚的领主。他便以宾夕法尼亚总督的身份为公谊会教徒打开了追求自由的大门。到1685年，已有8000多名公谊会教徒先后来到宾夕法尼亚。佩恩把宾夕法尼亚变成了实行宗教自由的神圣实验场。当时的宾夕法尼亚不仅向公谊会教徒，而且也向所有其他一切教派完全开放。17世纪末，公谊会教徒与来自欧洲的门诺派教徒、登卡尔派教徒、莫拉维亚教徒和来自苏格兰、爱尔兰、法国、德国、荷兰的长老会、浸礼会、信义会、归正会的教徒共同生活在可以自由信奉上帝的宾夕法尼亚。宾夕法尼亚成了一个众多教派的宗教避难所，是当时北美殖民地中教派最多、宗教最为自由的公共聚居地。

犹太教徒到达北美是因为不堪忍受在巴西受到的宗教迫害。1647年从荷兰人手中夺得了巴西的葡萄牙人残酷地迫害当地的犹太教徒，巴西犹太人曾因他们的信仰而被置于火刑柱上活活烧死，更多的犹太教徒则面临被监禁或被宗教审判的危险。于是在巴西的犹太人便乘船北上，希望在北美殖民地中找到能够安全定居并能保持其宗教信仰的地方。他们先后落脚新阿姆特丹（后来改名为纽约）、罗德岛等海港城镇，在那里建立了自己的犹太教会堂，这是北美的第一批犹太教会堂。

尽管清教徒曾在新英格兰竭力推行清教专制统治，但总的来说，17世纪的北美殖民地是来自英国和欧洲大陆的清教徒、公谊会教徒、胡格诺派教徒、门诺教徒和其他各种不同教派教徒的宗教避难所，为他们提供了可以保持其信仰自由发展的天地。清教徒和其他教派的教徒在北美殖民地早期发展过程中寻求宗教避难所的经历使具有不同教派背景的北美殖民地人民认识到，和平来自宗教宽容，而依靠宗教的偏执和狂热、推行宗教专制只能激起人们的反抗，不可能实现宗教的统一。这种认识对美国建国后实行宗教自由与政教分离的政策有着极其重要的影响。