1991—2008年，是福建烟草组建以来改革力度最大、业绩最辉煌的18年。在国家对烟草专卖品的生产、销售和进出口实行垄断经营、统一管理的专卖管理体制下，福建烟草对行业的农工商、人财物实行全面改革。农业方面，惠农政策的实施与烟草农业科学技术的投入促进了福建烟叶品质的提高，使福建烟叶走出一条从规模效益型到质量效益型的路子。卷烟工业采取的兼并（收购）重组、管理体制改革等措施，增强了福建卷烟工业企业的活力：福建卷烟品牌战略的确立、“名优烟”工程的实施，国际先进卷烟设备与生产技术的不断引进以及通过卷烟产品结构调整、组织结构调整、战略性调整，实现了资源整合，提高了福建卷烟品牌的竞争力。商业方面，卷烟销售网络建设、现代营销模式的建立和地产名优烟品牌的成功培育，提高了烟草公司对市场的调控力和优质卷烟对市场的占有率。烟草专卖管理工作的转型使卷烟的市场管理日趋规范化和法制化，卷烟打私打假逐步成为政府行为。劳动工资、人事制度改革进一步调动干部职工的积极性；党风廉政建设和思想政治工作逐年得到加强；企业发展不断走上良性循环。全省烟草行业年税利从1990年的7.1亿元上升至2008年的169.7亿元；18年共上缴税利1043.6亿元。全省烟草工商总资产达298.7亿元（其中工业总资产124.8亿元）；全省行业净资产达253.9亿元（其中工业净资产达103.3亿元）。