1990—1995年，省内各产区通过推广良种、单行种植、成熟采收等适用技术扩大种植面积。同时，烟叶种植区域向闽西北转移，1994年，漳州区域的平和、云霄、华安，福州区域的永泰，宁德地区，停止种烟。1996—2008年，各地重点抓大乡、大村、大户、集中连片种植和烟田耕作条件及水利排灌设施改善等关键问题，开展烤烟生产布局优化，提倡集中连片规划种植，适当扩大生产条件较好、便于轮作的单晚田种植，淘汰病害较重的烟区。进入21世纪，烤烟种植区域集中到列入全国31个重点产烟区的龙岩、三明、南平三地。截至2008年，全省有28个县（市、区）、326个乡镇、2902个村种植烤烟，其中10万担以上的有宁化、建宁、永安、泰宁、清流、将乐、长汀、上杭、武平、连城、邵武、建阳、浦城、武夷山、光泽等15个县（市），5万～10万担的有明溪、尤溪、大田、松溪、永定等5个县，5万担以下的有沙县、三元、梅列、漳平、建瓯、政和、顺昌、南平延平区等8个县（市、区）。