20世纪90年代，福建省共有5家国营卷烟厂（龙岩、厦门、畲山、云霄、泉州卷烟厂）、1家地方烟厂（龙岩卷烟厂永定分厂）和1家中外合资卷烟工业企业（华美公司）。1995年7月，泉州卷烟厂因单箱成本亏损停产整顿。第二年，龙岩卷烟厂永定分厂转产纸箱等产品。两年后，根据国家局对10万箱以下的小烟厂实行关停并转的政策。龙岩卷烟厂与云霄卷烟厂实现联合兼并和资产重组，厦门卷烟厂与畲山卷烟厂实现资产重组。中外合资卷烟工业企业华美卷烟有限公司合同期满，由厦门卷烟厂购买华美卷烟有限公司的他方股权。至2003年福建中烟公司成立时，福建省卷烟工业企业由7家调整为龙岩卷烟厂和厦门卷烟厂2家。

2007年11月，龙岩和厦门工业公司正式成为福建中烟的全资子公司。