20世纪90年代开始，福建省烟草行业抓住《中华人民共和国烟草专卖法》（下称《烟草专卖法》）、《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》（下称《实施条例》）和《福建省烟草专卖管理办法》等法律法规实施的契机，从上自下制定配套的规章制度，开展宣传教育活动，对卷烟市场加大综合治理力度。全省的烟草专卖管理工作与卷烟销售网络建设同步进行，在卷烟销售下伸网点配备烟草专卖人员，从事卷烟市场管理。1999年，全省初建100个专卖管理所，在此基础上，健全专卖管理所的建设，对卷烟零售户实行户籍化管理。同时，进行卷烟市场整顿，提高专卖管理工作的整体水平。进入21世纪，福建省烟草行业与全国烟草行业一样，面临着市场经济带来的压力，烟草专卖管理工作逐步由权力导向型的刚性管理向规则导向型的柔性管理转变，管理中，全面实施“内管外打”（对内规范队伍管理，加强对专卖管理人员的素质教育；对外打击走私、打击假冒伪劣卷烟），制订、实施系统的专卖管理人员行为规范，对卷烟市场进行合理化布局，对卷烟零售户实行户籍化和诚信管理，烟草专卖管理工作开始从粗放型向精细化转变。2005年，开始对烟叶复烤企业实施内部专卖管理监督。之后，监管严格的长效机制日趋健全，促进了卷烟市场正常有序的发展。