20世纪90年代，根据省政府《关于加快建立现代企业制度的若干意见的通知》，配合《中华人民共和国公司法》的正式实施，龙岩、厦门、云霄三家卷烟厂被确定为福建省300家转机建制试点企业之一，工业企业管理改革的步伐得以加快。福建卷烟工业开始强化生产现场管理与制度建设，实行全省统一的生产调度管理。龙岩卷烟厂率先成为全国烟草行业第四家通过ISO9000认证企业。厦门卷烟厂随后也通过烟草行业审核及第三方认证。通过开展创建管理样板车间活动，厦门卷烟厂四车间和龙岩卷烟厂制丝二车间获全国烟草行业管理样板车间称号。企业标准化建设和群众性质量管理（QC）小组活动逐步加强和普及。

21世纪初，工商企业的管理重心逐步转向以市场为导向的生产经营模式，企业的经济责任制管理得到完善；生产经营、工艺质量、设备、安全、财务、审计、统计、标准化等管理得到加强。商业系统抓“两烟”生产配备设施的建设，适度增加“三产”的建设投入，卷烟销售批发网点的建设步伐加快。卷烟工业企业以易地迁厂改造自动化、智能化设备的引进为依托，建成现代化的厂房车间，并加强对企业生产经营全过程的监控和管理。继厦门市局（公司）在商业系统中实行ISO9000质量管理系列标准之后，商业系统开始全面推行质量管理体系认证。强化内部管理监督，整顿和规范卷烟市场经济秩序，层层签订整规责任状，形成各级领导齐抓共管、专业组对口指导、相关部门密切配合、上下整体联动的内管工作格局。工业系统抓管理、求创新，实现管理理念，组织结构，管理机制，市场策略，技术品牌方面的创新，全面提升管理水平。

2006年起，福建烟草实施母子公司体制改革、建立现代企业制度。工商系统强化企业管理与监督，实行财务主管委派（异地委派）制及审计委派制，建立起适应母子公司体制下的财务管理模式、审计监督模式、内控制度模式的全方位、多层次的管理监督体系。工商企业的基础设施兴起新一轮建设，相继建成卷烟现代化物流配送中心。