粮食主产区利益补偿机制是从机制设计的层面对完善粮食主产区利益补偿提出的设想，其在现实中的运行，则还需要结合现行的财政体制和既有的政策实践，从省级、市级、县级三个不同层面进一步明确运行程序，并对不同层面的利益补偿标准进行测算，同时统筹不同层面间利益补偿的衔接，从而形成运转高效、动态调整的粮食主产区利益补偿机制运行模式和体系。