自17世纪初期开始，中国东北地方的满族崛起，1616年努尔哈赤建立后金政权，1636年其子皇太极改后金为清，并不断向内地发展。明末由于政治腐败、宦官专权以及土地高度集中，天灾人祸接踵而至，阶级矛盾非常尖锐，终于爆发了以李自成、张献忠为首的农民大起义。1644年春，李自成率农民军打进北京，推翻了明朝统治，不久清军在明将吴三桂的勾结下进入山海关，并很快赶走了李自成的农民军，占领北京，建立清王朝。

日本在丰臣秀吉执政期间，先后于1592年和1596年两次发动侵朝战争，在中朝两国军民的联合抗击下，遭到惨败，其侵占朝鲜和征服中国的如意算盘彻底破产，丰臣秀吉的统治也因此动摇。由于明日战争的爆发，明政府重新实行禁海政策，中日两国中断了正常经济文化交往。1603年，德川家康在江户（今东京）建立了幕府。德川幕府建立之初，也想与中国恢复邦交和勘合贸易，但是由于明朝此时处于内外交困的境地，已无力顾及此事，致使中日两国政府间的关系始终未能恢复。清军入关后，由于各种矛盾错综复杂，广大汉族人民举兵反抗，特别是以郑成功为首的抗清势力长期活跃在东南沿海和台湾地区，使清朝统治者又实行迁海、禁海政策；此时日本德川幕府对清政权也存在着戒心和疑心，故使得清朝前期（1840年前）中日两国始终未建立正式的外交关系，只是到了近代（1840年鸦片战争后），由于外国侵略势力的相继入侵，才被迫与日本建立了正式外交关系。