澎湖列岛处于闽海之中，是中国东南沿海的前哨站，海防地理位置十分重要。洪武初年，倭寇连续侵扰中国沿海，明政府无力控制澎湖，遂采取迁民弃守的收缩战略。万历中后期，随着海上危机的不断加剧，明政府逐渐加强对澎湖列岛的军事防卫，力图将其纳入国家海防体系之中，并将其作为东南海防的第一道防线。澎湖之战后，明政府改变了先前的汛防做法，在澎湖建立堡垒营寨，派水陆军长戍于此。可以说，在整个明代，澎湖防务一直是政府所面临的重大问题。明政府对澎湖海防的不断强化，不仅是国家海洋安全空间扩展的大势所趋，也是打击外敌侵略、维护国家海疆的必然举措。