随着临床药学事业的发展进步和我国城市公立医院综合改革的稳步推进，公立医院药品零差率全面实施，三级公立医院药学事业面临由利益中心转变为成本中心，学科前景不明、处境困难的巨大挑战。本文以南京某大型三甲医院为例，分析药品零差率实施前后的医院运营状况和学科转型方式。以建立医企合作一体化药品集中采供管护新模式为探索，加快医院药学部角色定位与职能转变，加强人才培养，完善配套政策，提升药学专业服务价值，促进药学事业内涵深化，增强学科专业实力，实现药学事业的成功转型。