税收管理对规范发展社会组织具有重要意义。深圳的社会组织面临的税收问题主要包括民办非企业单位无法获得公益捐赠税前扣除资格、难以享受到一些税收优惠政策，营业税负担重，免税资格覆盖面窄，等等。政府应当加强社会组织税收征管，将税收管理作为降低直接登记风险的手段之一；加大社会组织税务管理在其内部治理中的考核比重；探索民办非企业单位的分类管理制度；利用特区立法权，探索法律法规的完善，争取税收优惠政策；积极向国家税务总局和财政部反映社会组织的税收问题。