1998年4月成立的中国社会科学院中日历史研究中心是受我国外交部委托协助日本日中友好会馆开展中日历史研究的中方惟一窗口单位。中日历史研究中心由专家委员会和办公室组成。办公室设在中国社会科学院科研局。自1998年起，中日历史研究中心每年通过媒体发布年度《课题指南》，面向全国征集有关自19世纪70年代至20世纪40年代中期中日关系史的研究课题，经专家委员会评审后予以立项资助。至2003年，已立项资助95项课题。