进入21世纪，作为南南合作的倡导者和参与者，中国依然重视南南合作。南南合作是发展中国家联合自强的伟大创意，将为中国开辟出一条崭新的发展繁荣之路。为避免边缘化以及应对经济全球化的挑战，东非共同体与中国加强了各领域的合作，从修路到开发铁路，深化在交通运输、工业和贸易领域的优先合作，充分发掘经济合作的互利性和互补性，使双方逐步推进经济、社会、文化、政治、科技、外交、安全和其他相关领域合作在21世纪出现加速的势头。由于东非共同体的成员国均为发展中国家，中国通过南南合作平台，将加强与东非共同体探索南南合作的路径，开辟双方更广阔的合作前景。