后弘期，顿渐之间、显密之间、新旧教派之间的矛盾并未完全消失，各种宗教偏执逐渐影响了藏传佛教的发展。同时，政教矛盾也极为严重。萨迦派、帕木竹巴、仁蚌巴、辛夏巴、格鲁派所代表的政权相继登台，教派的势力也随之更替。这样，到19世纪时，很大一部分宗派濒临灭绝，一些珍贵的传承已经失传。幸存的一大（格鲁）派四小（宁玛、萨迦、噶举、本波）派，又长期故步自封，门户歧见、自赞毁他盛行。