乍得湖急剧萎缩、乍得湖区适宜放牧的草场不断退化导致北部乍得湖区牧民驱赶牲畜向南迁徙，并围绕水资源、土地问题与南部湖区农民发生激烈冲突，导致人员伤亡与财产损失。而乍得湖区的动荡局势为恐怖组织提供了发展壮大的土壤，使得“博科圣地”在乍得湖区招募到大量成员，并频频在乍得湖区跨国界开展恐怖袭击活动。而乍得湖区的环境恶化、农牧冲突和恐怖袭击问题造成了严重的地区人道主义危机。2020年以来新冠肺炎疫情大流行则加剧了地区危机，各国治理面临巨大挑战。