长期以来，阿富汗局势一直对上合组织产生多重影响。在阿富汗塔利班再次执政之初，阿富汗境内的恐怖主义活动不降反增，而且呈现向外扩张的趋势。面对来自国内外的巨大压力，阿塔采取了打击、限制和利用等多种反恐举措，在一定程度上改善了阿富汗国内的安全局势。但阿塔反恐行动也导致恐怖主义加速向外渗透，间接导致地区安全局势恶化。阿富汗的邻国基本都是上海合作组织成员国，所以上海合作组织直面阿富汗安全风险外溢的威胁。根据目前的情况来看，上海合作组织各成员国在定位阿富汗安全威胁、合作打击恐怖主义、处理与阿塔关系等问题上还存在分歧。