陈丹青被清华大学美术学院特聘为教授及博士生导师。在这个令人艳羡的位置上，他却始终不能适应当前“学术行政化”的教育体制，于是选择离开。2003年年底，陈丹青向院方与校方正式递交了辞职报告。他坦承：“我之请辞，非关待遇问题，而是至今不能认同现行人文艺术教育体制……我深知，这一决定出于对体制的不适应，及不愿适应。”媒体纷纷报道了清华大学美术学教授、博士生导师陈丹青愤然辞职的事件，并对我国现行高等教育体制进行了深入讨论。