本文介绍了深化改革中完善市场体制的几个方法论问题。首先介绍了确立历史性和制度性的概念和原则来开发不同类型市场及其内在关系，建立不同市场之间的内在链接，是完善中国特色的社会主义市场制度结构的必要前提。其次介绍了建立经济学理论一般性和特定历史现象的不同分析层面之间的链接。最后论述了建立起微观市场机制与宏观制度结构之间的逻辑链接，是完善中国特色的社会主义市场制度结构的根本方法。