维吾尔族的先民早期曾经信奉过对自然界各种实体崇拜的原始宗教，如太阳、天空、山川、植物、动物等偶像。狼是欧亚大陆草原上广大游牧民族惧怕的天敌，匈奴、突厥、丁零、乌孙等古代民族都曾将狼作为各自部落的图腾。萨满教是原始宗教晚期的一种相对成熟的宗教，维吾尔族先民曾长期信奉萨满教。萨满教中的“腾格里”被视为至尊天神，古代匈奴人首领就被称作“腾格里古特”（意为“天神之子”）。现代维吾尔族人的生活习俗，还有很深的萨满教仪式残存，例如，“萨满舞”和偏僻农村举行的“巴克西”（维吾尔族民间驱邪的原始宗教形式，有驱邪能力的长者被称为“巴克西”）、“皮尔洪”（驱邪仪式上跳的舞蹈）活动。公元3世纪波斯人创立了摩尼教，它糅合了基督教和佛教等的教义，3—15世纪流行于亚、非、欧各地区。8、9世纪时，摩尼教被回鹘汗国当成国教推行。高昌回鹘汗国有专门的摩尼教寺院，高昌遗址考古发现的壁画中有男、女信徒身穿白衣按等级围坐的场景。现今发现的摩尼教经典有《二宗经》《摩尼教徒的忏悔词》等。当时摩尼教的高级僧侣甚至可与回鹘可汗共议国政，并活跃在回鹘汗国的各大社交舞台上。唐代回鹘汗国与中原联系密切，摩尼教在中原建了许多寺院推广其教义 <<