2016年，新三板市场运行总体呈现“冰火两重天”的状态：一方面，企业挂牌突破万家，新三板成为全球挂牌数量最多的证券市场；另一方面，股票发行增长缓慢，市场总体融资功能下降，股票交易增长乏力，流动性严重不足。虽然创新层市场表现明显强于基础层，但因分层后差异化制度供给不及时，增加了系统性风险，阻碍了市场流动性的提高；挂牌公司经营情况喜忧参半，市场微观基础质量亟待提高，非系统性风险较高，影响了市场流动性的改善。但强化市场监管、保护投资者利益，成为2016年新三板市场运行最为靓丽的风景线。