本书首先从整体上对35个主要城市的创新生态系统的创新效率和健康指数进行了研究和分析，接着又对创新效率和健康指数的各分指标进行了深入的讨论，特别研究和讨论了每个分指标排名前十的城市。为其他城市提供可以直接学习和借鉴的对标体系，本章将进一步深入六个具有示范意义的创新城市生态系统内部，选取的是北京、深圳、广州、天津、杭州、成都，针对其各项指标在35个城市中的情况进行讨论，挖掘每个典型城市创新生态系统发展的经验和不足，为其他城市提升创新效率和提高创新生态系统健康度提供借鉴。六个典型城市的具体选择理由如下。

第一是北京。北京在创新效率评价与创新健康性评价两个方面的各分指标排名中都名列前茅。因此，北京作为“综合创新驱动之都”的经验值得进行更进一步的提炼和总结。尽管各城市的创新生态系统在整体上不具有可比性，但是其他城市仍然可以直接参考借鉴某些具体指标，例如在科技驱动方面、创新投入方面、营商环境方面等。第二是深圳。深圳在科技创新方面已经成为中国创新型城市的杰出代表。正如驱动力分析部分指出的那样，深圳在创新驱动方面正好与北京的经验相反，北京是典型的资源和政府驱动型的创新城市，而深圳是市场驱动型的创新城市。从国际经验来看，更多国家，尤其是发达国家，坚持以市场驱动为主，因此深入总结深圳的经验，既可以为国内其他城市提供市场驱动的经验，还可以将其作为中国创新驱动的杰出成果提供给其他国家的城市借鉴与学习。第三是广州。