2016年颁布的《国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》指出，“十三五”期间要坚持创新发展、协调发展、绿色发展、开放发展、共享发展的发展理念，并强调把发展着力点放在创新上，形成促进创新的体制架构，塑造更多依靠创新驱动、更多发挥先发优势的引领型发展。在国家宏观规划的引领下，“十三五”时期，长三角地区一体化发展也要秉承创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，并力争在国家推进“先发优势”的创新战略中发挥示范作用。

不论是创新发展理念，还是“先发优势”创新战略，都强调创新对经济发展的驱动作用。创新是指建立一种新的生产函数，即在生产体系中引进一种生产要素或生产条件并实现新组合。新组合强调的是各种创新资源的有机组合而非简单加和。生产要素或生产条件的成功引进，需要基于需要→研究→发展→商业化→扩散→采纳的线性过程，以非线性和网络化的复杂形式展开。在大量创新资源广泛分布的长三角地区，三省一市各自形成了经济增长极，而且不同的经济增长极之间还开展了一定的创新协同，并共同构成了长三角的区域创新系统。现有的长三角区域创新系统对长三角地区的经济和社会发展起到了至关重要的作用。

在新的历史时期，为了实现长三角地区的长期可持续发展，秉承创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，长三角地区需要在区域内进一步优化创新资源的配置，深化三省一市创新活动的协同，搭建促进创新的新型体制架构，建设长三角协同创新共同体，形成协同创新的有