深化农村集体产权制度改革，就必须健全和完善法人治理结构，建立符合市场经济要求的农村集体经济运营新机制。本文在对海淀区农村集体产权制度改革实践与进展考察的基础上，详细分析了股份社法人治理结构面临的关键问题，深度剖析了几个典型案例，并结合海淀区具体情况和其他地区的发展经验，针对股份社法人治理结构的健全与完善提出了相关政策建议。