目前农村双层经营体制中“统、分”两个层次缺乏有效协调，家庭承包经营发展迅速、农村集体经济发展缓慢，一定程度上制约了农村经济发展和农村公共服务的供给。比较农民合作社与农村集体产权制度改革的原则、目标、管理制度和功能，可发现二者具有天然的内在逻辑关系。以农村社区综合合作社作为集体经济改革与发展的载体，用农民合作原则治理农村集体经济，符合农村集体产权制度改革中产权明晰、政经分开、民主管理、农民受益的政策导向。农村社区综合合作社是以集体经济增值和农民收入提高为目标，具有生产、生活、社区公共服务等多种功能，是农村集体经济经营的有效载体之一。农村社区综合合作社发展需要从农民合作社体系构建、合作社专业化管理、农民合作社与外部资源对接等方面推进。