经费作为书院赖以生存和发展的经济基础，对书院发展至关重要。从经费来源来看，其主要有官员拨赠、地方绅民捐输、本金升息等方式；就经费使用而言，主要用于山长报酬、生徒开销、职事辛资及公共开支。书院经费分配原则体现了尊师重教与养士的传统。汉江流域书院的经费管理经历了一个由官府直管向官督民管下的董事制模式的转变，其管理模式日臻成熟，为维持经费稳定和书院长远发展起到了至关重要的积极作用。