鉴于环境治理的公共事务属性，区域环境协同治理首先是政府主体之间的协同，为进一步高效推进长三角区域环境协同治理，需要完善区域环境协同治理主体结构。自长三角开启一体化发展进程以来，环境协同治理经历了同一层级环境协同治理结构、以“三级运作”为主要特征的多层级协商主导的环境协同治理结构、纵向管控和横向协同兼顾的环境协同治理结构等不同发展阶段。当前长三角环境协同治理机制本质上还是一个交流沟通、协商磋商的协同治理机制，环境协同治理结构和协调机制总体上较为松散。长三角环境协同治理结构还面临决策瓶颈、执行瓶颈及监管瓶颈。随着长三角一体化发展上升为国家战略，长三角应强化纵向环境协同治理结构，推进市场化、社会化机制创新，统一区域生态环境保护制度，开展环境协同治理绩效考核，形成纵向管控与横向协同耦合的新型区域环境协同治理结构。