自2005年默克尔上台以来，德国政府延续了对以色列的基本政策，两国在政治、经济、军事以及文化交流等方面的合作都取得了明显进步，双边关系继续深化并且平稳发展。目前，德国对大屠杀的态度及赔偿、两国长期的国防和科学合作仍然是德以双边关系的基石。但是，由于两国自身历史的特殊性、相互关系的敏感性和国际政治局势的动荡，默克尔时期的德以关系仍面临着种种挑战，其中最重要的因素包括德国的国内舆论、德国对巴勒斯坦问题的参与以及美国的中东立场等。德以两国在犹太人定居点问题、伊朗核问题和以色列对约旦河西岸的吞并计划等方面仍存在分歧。