基于全产业链环节的五大中类生物制药工业在企业生产过程中会产生和排放不同污染程度的废水，已经成为长三角绿色转型的重点行业。而且，长三角医药制造业废水排放效率地区差异大，不能满足长三角实现生态环境绿色一体化发展需要，一定程度上对区域水环境造成安全风险隐患。长三角生物制药行业水污染物排放标准的地方差异化影响因素主要为长三角医药制造业存在逐底竞争、环保监管执法尺度不一致、跨界水污染风险隐患难以消除等。本文基于水安全视角，从行政和市场的经济手段、法律保障机制、信息共享机制三方面出发，提出长三角水污染物排放标准一体化的政策建议，包括加大地方水污染治理财政投入，推进制药业污染第三方治理；以“谈判机制”统一长三角水污染物排放标准和环境执法标准；建立长三角排污企业水污染物排放数据与治理绩效共享平台。