以色列公共卫生系统是此次抗击新冠肺炎疫情的领导力量。以色列卫生部及其下属的公共卫生服务中心负责制定国家层面的抗疫战略，并通过包含卫生系统内外所有相关人员的国家指令中心来维持公共卫生系统的运作。卫生部主要负责整合各方，包括医院、健康维护组织（HMOs）和公共及私人实验室的资源。此外，卫生部协调新技术的研发，健康维护组织和医院作为实际操作者，负责对居家和住院患者进行检测和诊治。健康维护组织还迅速开展疫苗接种运动，而以色列公共卫生系统的现有基础设施为开发先进的IT技术、建立国家数据库以监控疫情的暴发并引导国家政策在疫情防控的不同阶段进行动态调整提供了可能。