2020年全球新冠肺炎疫情肆虐，包括南苏丹在内的非洲地区疫情发展迅速。南苏丹的疫情防控面临公共卫生系统薄弱、民众防护意识普遍缺乏、经济困顿和资金严重不足等一系列挑战，无法快速有效应对此类突发性公共卫生危机。在国际社会的大力援助下，南苏丹政府于2020年3月成立高级别疫情防控小组，关闭边境并实施封锁和经济冻结措施，提供疫情防控知识技能培训，配备和升级医疗设施，加强核酸检测，力图有效防控疫情、促进经济复苏、推进和平进程；但因经济压力，又于2020年5月宣布放缓疫情防控。由于广泛检测不足、疫情流调缺乏、人员流动控制不力等情况，2020年南苏丹新冠疫情防控形势异常严峻。