通过结构化比较分析首都主要功能区的上市企业质量、数量和空间分布，资本市场中介机构服务专精特新企业的能力，专精特新企业的发展质量、数量和空间分布，针对专精特新企业的补贴政策，发现北京在推动专精特新企业高质量发展中面临着融资渠道不够畅通、资本市场的集聚效应不足、政策支持力度有待加强等挑战。为此，提出发展壮大以专精特新企业为代表的中小企业；构建中小企业金融生态圈；发挥好先行先试优势，用好用足主要功能区公共服务和补贴政策；加强主要功能区之间的协同发展；规范多层次金融市场健康发展等措施建议。