长江流域跨省生态补偿试点已经取得显著成效，但也存在一些问题：生态补偿机制建设思路、路径还待完善；生态补偿力度和资金不足且方式单一；生态补偿标准体系仍不完善；生态补偿机制实施保障不健全。为此，应建立健全多元化、市场化生态补偿机制，推动补偿方式从以“输血型”补偿为主向以“造血型”补偿为主转变；强化科技支撑，完善生态补偿标准体系，并使之制度化、规范化、常态化；完善生态补偿配套制度，提高生态补偿管理效能，为生态补偿立法提供充足保障；搭建公众参与生态补偿建设的渠道和平台，鼓励全社会积极参与。