上海市水上旅游产业发展缓慢的原因有：虽然各方对水上旅游的认识不断加强，但仍需进一步深化；各类水上旅游规划层出不穷，但操作性差，难以贯彻落实；水上旅游的管理部门众多，但管理体制不顺，难以形成整体合力；水上旅游发展处于历史最好时期，但配套措施极为缺乏。要突破这些瓶颈问题，就要进一步科学制定水上旅游综合发展规划，理顺水上旅游开发的管理体制，落实水上旅游发展的保障措施，加强水上旅游的宣传和促销，大力发展“三游”经济，强化水上旅游人力资源管理和培训。而近期需要抓好海水系资源和岸线资源的普查、建档、评估、保护和开发工作，对黄浦江水上旅游进行综合开发，注重苏州河沿岸景观的整体协调，早日将淀山湖水域还湖于民，丰富已有水上旅游产品的内涵，强化景观水系管理整治力度，等等。