独立后的吉尔吉斯斯坦是中亚地区稳定性最为缺乏的国家之一。它连续两次经历了国家政权的非制度化更迭，反映了其国家政权建设存在着严重问题。虽然独立后为国家政权建设付出了不少的努力，但政府绩效低下、国家政权制度化缺失、有效性不足、合法性危机重重，国家政权建设任重道远。