伴随国际形势和地区格局的不断演变，中亚地区也出现了新的威胁和变化：国际恐怖主义、宗教极端主义和民族分裂主义三股势力的合流成为一直困扰着中亚各国的毒瘤；毒品走私、跨国犯罪、生态危机等非传统安全因素也威胁着中亚地区的安全与稳定；全球化的发展，直接冲击了中亚原本比较封闭的政治、经济结构，使地区内已经凸显的权利不平衡和财富不平衡的现象更加突出。这一系列不稳定因素反映到民族问题上，使得中亚地区的民族问题，在新的历史阶段又出现了新的情况，并一直困扰着中亚各国，直到如今。深处中亚地缘政治环境影响下的新疆，不可避免地也受到了这些问题的冲击和影响。