威廉姆森（2000）的制度研究框架区分了社会或制度分析的四个相互关联的层次：第一层次是指嵌入制度或者社会和文化的基础。第二层次是指基本的制度环境。第三层次的制度指的是治理机制。给定基本的制度环境，人们将参照制度（治理）的安排作出选择，通过这种安排，给定了基本的制度环境的属性后经济关系将得到治理。这个层级的制度包括：①基本结构的性质得到详细说明的，个人交易商品、服务和劳动的制度；②制约和影响合约及交易关系的结构、商业企业的垂直和水平的结构以及内部调节的交易和市场调节的交易之间的边界的制度；③公司治理以及支持私人投资和信用的金融制度等。治理安排的选择在任何时点上受基本的制度环境和一国基本经济条件（如自然资源禀赋）的影响很大。第四层次是指短期资源分配制度（新古典经济学），在前三个层级制度给定的情况下，这一层级的制度实际上指的是经济的日常运行（卢现祥、朱巧玲，2007）。这里的生态补偿制度比较，主要是比较威廉姆森制度研究框架的第三个层级，即治理机制的比较。世界各国的生态补偿实践一般是通过各种具体的生态补偿制度或规则来推动的。