建立在新的认识论基础上的科学课程，明确阐述了科学课程设计的基本观念。如前所述，科学课程观的褊狭突出表现为科学课程的科学主义倾向，是建立在实证主义或证伪主义思想基础上的唯知识论主张，是强调学科而严重忽视学生及社会发展需求的极端表现。超越科学主义，科学课程设计应克服学科中心偏向的做法，将学科、学生与社会发展的需求相统一，将课程设计不同理论取向相整合，即课程设计应借鉴各种意识形态或理论取向的合理内核与价值，经由不同意识形态之间的对话，奠定不同理论取向之间理性共识的基础。这意味着要把课程视为有待师生检验的研究假设，突出科学课程培养学生批判性思维能力的价值与作用，强调观念转变理论对科学课程实施方法的指导性。