海洋渔业转型运行机制是指海洋渔业在由完全依赖海洋渔业自然资源的开采和加工转向多元化产业发展的过程中，各主体、各环节为了使海洋渔业从摆脱对海洋渔业资源过度依赖、规避资源衰竭，到实现产业可持续发展的转化，所形成的运行方式、管理模式、政策制定等各组成部分的相互作用、相互制约和协调的关系。只有在海洋渔业转型运行机制的保障下，我国海洋渔业体系才有可能成功转型，走上可持续发展的道路。海洋渔业转型运行机制总体框架的构建是由海洋渔业转型的目标直接决定的，海洋渔业转型目标体系的实现过程，就是海洋渔业转型运行机制运转的过程。根据我国海洋渔业转型的目标体系，可将海洋渔业转型运行机制分为海洋渔业自身转型运行机制和海洋渔业外部环境转型运行机制两个部分。