本文对于区域创新研究的尺度选择的是市域，核心观点是不同城市对创新型国家建设的贡献是不同的，并从三个方面对这一观点进行了阐述：创新型国家建设的内涵丰富，只有多样化的城市创新才能满足；城市对于创新路径的选择受到城市资源禀赋条件的约束；国家通过对区域协调发展的战略安排鼓励城市创新。在此基础上本文根据《全国主体功能区规划》的要求，以山东省为例计算了城市主体功能指数，并在城市功能分类的基础上设计了评价城市创新引领与创新主导水平的指标体系。