在深入分析乡村制度的设计与运行模式的变迁及更替的深层次因素时发现，治理主体自身的关系对乡村治理的状况和进程起着非常大的影响作用，进而导致在乡村治理的实践过程中，治理主体间的关系脱离制度安排，发生较大的扭曲和变形，与制度的设想产生了距离。乡村社会治理主体的构成是以有序互补的方式组成，其中独立单元的每个主体如果过分地扩大个体的权力，而无视其他主体的存在，都会造成治理主体间关系的变形。矫正乡村治理主体关系变形的路径主要分三个层次，从上看是乡镇需要体制性的行政放权，赋权于民；中间则需要依法治村，完善村民自治制度；从下看需要培育和发展农村现代社会组织，增强农民的话语权。