闽台两地密不可分的行政关系，不仅体现在历史上，从国家尚未统一的现实角度，在两岸地方行政建制当中，至今还有交叉部分。台湾当局实际控制的金门、马祖，就是福建属地。金门在历史上一直隶属于福建省泉州府同安县，1914年民国政府在厦门设立思明县，金门一度改隶思明县，1915年设立金门县后，归厦门道管辖。马祖列岛则分别隶属于福建省连江县、长乐县和罗源县。1949年国民党政权退据台湾后，固守金门、马祖，并将马祖列岛编为连江县。台湾当局保留了福建省地方建制，下辖金门、连江二县。因此，叙述闽台行政关系，不可回避金门、马祖及其相关行政体制之由来。