本书主要以史料挖掘和梳理为基础，以历史发展脉络为背景，运用历史学、政治学、法学、社会学等多学科综合研究方法，阐述福建与台湾之间行政关系发生、发展、变化和延续的过程。内容包括大陆政权和东南沿海人民对台湾的早期探索、开发和管理，郑成功收复台湾和明郑政权的性质，清朝福建省对台湾的行政管理，台湾建省后的闽台关系，日本割占台湾与闽台关系变化，“二战”后中国政府收复台湾，等等。这些内容既以闽台行政关系为核心，又不受闽台地域局限，而着意于将闽台行政关系放在更加宽广的时空视野，以便梳理。在理论上力求从两方面寻求创新：一是将福建与台湾的次第开发看作汉族文化波浪式开发东南区域的一种整体而连贯的历史过程，这种过程构成闽台行政关系发生发展的必然性基础；二是将台湾的主权归属，放在近代以来国际政治震荡和重构过程中所形成的法则和秩序来进行分析，认为台湾主权归属正是在近现代国际秩序震荡和重构过程中逐步得到明确，从而构成中国台湾主权的合法性基础。