探讨“科学理论的本质与结构”一直是科学哲学的主要目标，这个目标现在与探索科学的模型问题连在一起。自从逻辑经验论的“公认观点”失败后，具有逻辑与分析哲学倾向且对历史进路不满意的哲学家们不断尝试寻找一个新的进路，他们在状态空间理论中，特别是在集合论中找到了出路，把模型类看作科学理论的核心，将集合论看作对科学理论进行语义分析的工具。这种趋势逐渐占据了科学哲学对理论结构分析的主流，构成科学理论结构的模型论进路，成为“新的公认观点”。但是近20年来，科学理论结构的语义模型论进路又面临新的困难。这个困难集中在科学理论的语义和语法的关系以及模型概念的两难处境上。在诸多新进路的研究中，笔者认为科学理论与模型研究的语用论进路是很有启发的，认为它是或应该是在不放弃语义模型观和语义模型研究进路的基础上才有新发展。从这个立场出发我们分析科学理论结构从语法进路到语义进路再到语用进路的艰难过程。